A vegetação pantaneira é um mosaico de cinco regiões distintas: amazônica, cerrado, caatinga, Mata Atlantica e chaco (paraguaio e boliviano), durante a seca, os campos se tornam amarelados e as vezes  a temperatura desce a níveis abaixo de 0 ºC, influenciada pelos ventos que chegam do sul do continente. A vegetação do Pantanal é heterogênea e há um padrão diferente de flora de acordo com o solo e a altitude, nas partes mais baixas, predominam as gramíneas, que são áreas de pastagens naturais para o gado — a pecuária é a principal atividade econômica do Pantanal, a vegetação de cerrado, com árvores de porte médio entremeadas de arbustos e plantas rasteiras, aparece nas alturas intermediárias. A poucos metros acima das áreas inundáveis, ficam os capões de mato, com árvores maiores como o angico, ipê e aroeira. Nas altitudes maiores, o clima árido e seco torna a paisagem parecida com a da caatinga, apresentando espécies típicas como o mandacaru, plantas aquáticas, piúvas (da família dos ipês com flores róseas e amarelas), palmeiras, orquídeas, figueiras e aroeiras.